În timp ce Stargate Atlantis intră în cel de-al 5-lea sezon plin de acţiune, echipa noastră de exploratori continuă să se confrunte cu pericolele şi incertitudinea din Galaxia Pegasus. În cadrul dramaticului final al sezonului 4, locotenent-colonelul John Sheppard, găseşte, în fine, tabăra secretă a lui Michael şi, împreună cu Dr. Rodney McKay şi Ronan Dex, fuge s-o salveze pe gravida Teyla. Dar planul eşuează şi eroii noştri sunt capturaţi într-o explozie masivă ce loveşte tabăra. În primul episod al sezonului 5, colonelul Samantha Carter pune la cale o misiune de salvare a echipajului lipsă dar, după ce a fost doar un an lider pe Atlantis, ea e rechemată pe Pământ. Numirea lui Richard Woolsey în locul ei e întâmpinată cu reacţii foarte diferite. Trecutul său birocratic se va dovedi dificil pentru stilul rebel al lui Sheppard. Genialul Dr. McKay se va confrunta cu nişte probleme personale extrem de dificile iar Teyla va învăţa să-şi împace statutul de mamă cu cel de războinică. Trecutul lui Ronan se va întoarce din nou să-l ameninţe, şi şefa doctorilor, Jennifer Keller, va primi ajutor de la o sursă mai puţin probabilă. O relaţie provizorie cu Furiile ia o turnură şocantă şi noii adversari le vor testa curajul şi hotărârea. Ca de obicei, echipa Atlantis trebuie să se confrunte cu duşmani, să creeze noi alianţe şi să pătrundă mai adânc în misterioasa Galaxie Pegasus.